SARS-CoV-2 virüs tespiti, mutasyon analizi ve aşı çalışmaları için Eppendorf çözümleri...

Virüs Tespiti: Nükleik Asit Saflaştırma ve RT-qPCR

SARS-CoV-2 araştırma ve aşı geliştirme çalışmalarında, en önemli adım virüsün güvenli bir şekilde tespitidir. Mevcut standart, viral genomik materyalin saflaştırılmasını ve Dünya Sağlık Örgütü tarafından önerilen bir ters transkripsiyon kantitatif PCR'ı (RT-qPCR) içerir. Bu sürecin ilk bölümünde, toplanan numuneler genellikle bölünür ve daha basit kullanım için yeniden biçimlendirilir. İşlenmiş viral genomlar numuneden nükleik asit izolasyonu (NAP) ile saflaştırılır. Salınan viral genomlar daha sonra örnekteki farklı viral işaretleyiciyi (marker) tespit etmek için bir RT-qPCR için bir girdi olarak kullanılır.

İş akışı detayı içintıklayınız.

Virüs Tespiti: Nükleik Asit Saflaştırma ve Yeni Nesil Sekanslama

RT-qPCR kit malzemelerindeki eksiklik nedeniyle, virüsün yayılmasını gözlemlemek için SARS-CoV-2 tarama kapasitesi sınırlıdır. Aşı olmadan virüsü kontrol altında tutmak için simülasyonlar, nüfusun % 80'inin her 10 günde bir taramadan geçmesi gerektiğini öne sürmektedir. Bu tür bir talebi karşılamak için, RT-qPCR yerine Yeni Nesil Sekanslama (NGS) yapılması durumunda önemli ölçüde arttırılabileceği tartışılmaktadır.

İş akışı detayı içintıklayınız.

Mutasyon Denetimi: Enfeksiyonların Plastisite ve Epidemiyoloji Çalışması

Testlerin verimini artırmanın yanı sıra, viral genomu incelemek için Yeni Nesil Dizileme (NGS) kullanılabilir. Viral genomdaki ince mutasyonlar, enfeksiyon kaynaklarını incelemek için bilgilendirici olabilir. Ek olarak, bu teknoloji, enfeksiyonlara yatkınlık oluşturan konakçı risk faktörlerini incelemeye ve diğer patojenlerle birlikte enfeksiyonları geniş bir şekilde taramaya izin verir. Mutasyon denetimi için kullanılan iş akışları genel olarak virüs tespitine çok benzer, ancak kütüphane hazırlıkları ve downstream analizi için farklı kitler kullanılabilir.

SARS-CoV-2 mutasyon analizi

Sahada SARS-CoV-2 mutasyon tespitinin artmasıyla, virüs dizileme ihtiyacı da artmaktadır. Yeni mutantları hızlıca keşfetmek, onların şiddetini, bulaşıcılıklarını ve dirençlerini erken değerlendirilmesini sağlar. Eppendorf, iş akışındaki her aşama için cihaz ve sarf malzeme seçenekleri sunar.

İş akışı detayı içintıklayınız.

İmmünolojik test: Antikor Tespiti

SARS-CoV-2'ye karşı antikorların varlığı genellikle serolojik testlerle kontrol edilir. Spesifik antikorların tespiti, bu enfeksiyon asemptomatik olsa bile bir patojen ile geçmişteki bir enfeksiyonu gösterir. Bu antikorların konsantrasyonuna bağlı olarak, bunların varlığı, aynı veya oldukça benzer patojenlerle gelecekteki enfeksiyonlara karşı bir direnç gösterebilir. İmmünolojik testler de önemlidir, çünkü genellikle PCR testlerinden daha düşük bir maliyetle üretilebildikleri için ölçeklendirilmeleri daha kolay kabul edilirler. Bu immünolojik testler, numune materyali olarak serum parçaları ile çalışır. Bu parçalar, enzime bağlı bağışıklık deneyi (ELISA) ile antikorların varlığı açısından taranır.

İş akışı detayı içintıklayınız.

Aşı Üretimi: Ar-Ge’den Üretime

Dünya Sağlık Örgütü (WHO) şu anda dünya çapında 170'den fazla projeyi listelemekte ve SARS-nCoV-2'yi kontrol etmek için bir aşı geliştirme üzerinde çalışmaktadır. 30'dan fazla aday aşı, farklı klinik aşamalara girmiştir ve şu anda test edilmektedir. Yeni bir aşı geliştirmek zordur ve yaklaşıma bağlı olarak farklı laboratuvar ekipmanı gerektirir. Gösterilen yöntemler ve araştırma ekipmanı, moleküler araştırma uygulamaları için tasarlanmıştır.

Klasik yaklaşımlar

Altbirim/Antijen

Potansiyel alt birim / antijen adaylarını belirledikten sonra ilk adım, aday bileşimi üretmek için rekombinant bakteri veya maya üretmektir. Sonrasında başarılı bir taramaya ihtiyaç vardır. Bu durumda, büyük üretim ölçeklerini başarılı bir şekilde büyütmek için yetiştirme koşullarını küçük ölçekte optimize etmek ve hassas bir şekilde tanımlamak çok önemlidir.

Virüs bazlı

Virüs bazlı aşılar, artık bulaşıcı olmayan ancak bağışıklık tepkisini tetikleyen, etkisizleştirilmiş veya zayıflatılmış virüslere bağlıdır. Üretimde başlangıç materyali üretmek için virüs, ya spesifik mutasyonlar tetiklenerek zayıflatılır ya da virüsün hastalıklara daha az sebep olan doğal yollu mutasyonları meydana gelene kadar birkaç nesil boyunca yumurta veya insan hücrelerinde yetiştirilir. Diğer bir yaklaşım, virüsün kimyasal veya ısı aracılığıyla inaktivasyonudur.

Nükleik asit bazlı aşılar

Özellikle mRNA aşıları, geleneksel aşılara göre daha kısa geliştirme ve üretim sürelerine sahip olduklarından dolayı klinik test için ilk adaylar arasındadır. İmmünizasyon, enjekte edilen RNA'ya karşı, bağışıklık tepkilerini tetikleyen lipid partiküller içine kapsüllenmiş viral antijenleri kodlayan bir haberci RNA sekansına dayanır.

İş akışı detayı içintıklayınız.